La acuaponía, como cualquier sistema productivo, también presenta ciertas desventajas. La magnitud de estas depende mucho del cuidado que se le ponga a cada detalle. Si se desarrolla un buen proyecto es posible que todas las desventajas que mencionaré a continuación se vean minimizadas a tal grado que no representen problema.
Costo inicial
Comenzar un proyecto de acuaponía tiene un costo inicial relativamente un poco más alto que otros métodos de producción, tales como huertos en casa. Sin embargo, no es posible dar una cifra real porque esta va a depender del tamaño del sistema y del nivel tecnológico del mismo. Hay que considerar que se requieren bombas y artículos de plomería.
Éxito no asegurado
Sé que ningún sistema productivo presenta una tasa perfecta de éxito, pero en el caso de la acuaponía el porcentaje es bastante reducido. La cuestión es que muchos sistemas, como la hidroponía por ejemplo, están estandarizados en gran medida y hay mucha información al respecto. Con la acuaponía no resulta igual; falta mucha investigación y estandarización.
Múltiples puntos de falla
La acuaponía es relativamente más compleja que otros sistemas productivos por el hecho de que hay que estar al pendiente tanto de plantas como de animales. Esto implica que los puntos donde el sistema puede fallar sean más. Por un lado los peces pueden morir si no tienen las condiciones adecuadas, por el otro las plantas son susceptibles a patógenos.
Alimento para peces insostenible
Los peces de los sistemas acuapónicos suelen ser alimentados con especies de peces de mucho menor valor comercial. Esto disminuye drásticamente el número de peces de la especie de menor valor y se puede llegar al agotamiento, provocando que la acuaponía sea sostenible. Se requieren alternativas como la alimentación orgánica de los peces.
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