Otorgar el desarrollo inicial de la acuaponía a alguna de las culturas antiguas es arriesgado por la falta de evidencia contundente. Actualmente no existe acuerdo sobre donde se originó la acuaponía. De hecho, es posible que esta técnica fuese desarrollada por civilizaciones de América y Asia por cuenta propia.
Muchos autores atribuyen el origen de la acuaponía a los aztecas, quienes desarrollaron las chinampas. Una chinampa es una isla agrícola de origen artificial, y en la construcción de estas los aztecas presentaron gran maestría, al grado de convertir parte del Lago de Texcoco en zona cultivable.
En las chinampas los cultivos se producían sobre las islas, que estaban rodeadas por canales donde se realizaba la cría de peces. De esta manera podemos considerar a las chinampas como un sistema acuapónico de grandes dimensiones, cuyo éxito permitió el desarrollo de la cultura azteca en el centro de México.
Sin embargo, otros autores se decantan por China y Tailandia, donde desde hace mucho tiempo se cultiva arroz y entre los arrozales se producen peces. Estos sistemas se han definido como sistemas de acuaponía temprana. También se consideran dentro de los sistemas acuapónicos de dimensiones considerables.
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